Das Liechtenstein-Institut ist als gemeinnütziger Verein gemäss liechtensteinischem Personen- und Gesellschaftsrecht organisiert. Oberstes administratives Organ ist der Institutsvorstand, der von der Mitgliederversammlung gewählt wird und ehrenamtlich arbeitet (Präsident: Dr. Guido Meier). Der Vorstand wählt auf Vorschlag des Wissenschaftlichen Rates den Direktor, sorgt für die finanziellen Mittel des Instituts, wählt gemeinsam mit dem Direktor das administrative Personal des Instituts und vertritt das Institut in Absprache mit dem Direktor nach aussen.
Der Wissenschaftliche Rat, dem namhafte Professoren aus dem In- und Ausland angehören, trägt Sorge dafür, dass Forschung auf hohem Niveau betrieben wird (Vorsitzende: Prof. Dr. Sieglinde Gstöhl). Er wird insbesondere auch bei der Auswahl von neuen Forschungsprojekten und der Wahl des akademischen Personals einbezogen.
Der Direktor wird vom Wissenschaftlichen Rat vorgeschlagen und vom Vorstand bestellt. Die Bestellung erfolgt auf drei Jahre, wobei eine Wiederbestellung möglich ist. Der Direktor ist für die Begleitung der Forschungsarbeiten, die Erstellung von Jahres- und Forschungsprogrammen, die Organisation des Lehrbetriebes, Personalangelegenheiten und weitere Exekutivaufgaben zuständig. Ihm zur Seite steht die Administration.
Die Forschung erfolgt durch Forschungsbeauftragte, wissenschaftliche Mitarbeitende, Doktoranden sowie freie wissenschaftliche Mitarbeitende. Sie werden von der Administration sowie dem Bibliotheksdienst unterstützt. Das Liechtenstein-Institut bietet auch regelmässig Praktikumsplätze für Studierende an.
Das Liechtenstein-Institut finanziert sich durch öffentliche Beiträge von Staat und Gemeinden, durch private Geldspenden und Projektförderungen, Forschungsfonds, internationale Projekte, Auftragsstudien und Gutachten.